De cronologia i situació semblant a la Cisterna, durant la Guerra Civil la Carbonera es va habilitar com a refugi antiaeri del personal docent i de l’alumnat del centre, juntament amb veïns i veïnes de la zona. Les seves peculiars característiques constructives –volta de canó i parets molt gruixudes i excavada en part a la mateixa roca- i situació – varen facilitar aquest ús. Fins a finals dels anys seixanta va ser destinada a botiga on s’hi venia carbó. D’aquí n’ha quedat el seu nom popular. Actualment acull exposicions temporals i activitats del Museu d’Història de Girona (MHG).